La taxonomía no es otra cosa que la ciencia de la clasificación, y se emplea habitualmente para designar la taxonomía biológica, entendida como la teoría y práctica de clasificar organismos. La taxonomía también se ocupa de debatir y actualizar los diferentes códigos internacionales de nomenclatura, entre ellos los asociados a los diferentes microorganismos.
En los códigos de nomenclatura son siete las categorías primarias o principales: Reino, Filo o División, Clase, Orden, Familia, Género y Especie. Y en estos mismos códigos cada especie queda designada por un binomio (una expresión de dos palabras) latinizado, donde la primera palabra, el "nombre de género", es compartida por las especies del mismo género; y la segunda, el "adjetivo específico" o "epíteto específico", hace alusión a alguna característica o propiedad distintiva de esa especie en particular.
El término más conmúnmente utilizado es el nombre de las especies. En el caso de los microorganismos, por ejemplo, podemos observar la bacteria llamada Escherichia coli. Pertenece a la familia de Enterobacteriaceae, del género Escherichia y a la especie Escherichia Coli. Y es llamada así por su descubridor Theodor Von Escherich y la palabra latina coli, para hacer referencia al colon. Lo mismo ocurre con los hongos: Aspergillus flavus. Pertenece al género Aspergillus de la especie flavus (amarillo en latín).
De igual modo sucede con los virus, que se clasifican por su composición con ADN o ARN, si este ácido nucleico tiene una o dos cadenas, si el virus tiene envuelta lipídica o está ‘desnudo’ o por su morfología. De esta forma, podemos poner el ejemplo de los Orthopoxvirus, que son un género de la familia Poxvirus, cuyo miembro más famoso es Variola virus, causante de la viruela, y que ha sido erradicado gracias a otro Orthopoxvirus, el Vaccinia virus.
El nombre del género siempre se escribe con mayúscula y el de la especie no. Ambos términos, además, han de ir siempre en cursiva. Al escribir el nombre de especie, el epíteto específico nunca es utilizado solo, y es preciso que esté precedido por el nombre del género, de forma que el nombre de la especie sea el binomio completo.
Otra cosa es hablar del género gramatical de los microorganismos. Los nombres de la especie, como la anteriormente mencionada Escherichia coli, carecen de género gramatical masculino o femenino. Sin embargo, en castellano solemos feminizar los sustantivos terminados en -a, -d o -z, y masculinizar los acabados en -e, -i, -l, -n, -r y -s, tal y como sostiene Fernando Navarro. De esta forma, podemos encontrar escrito, de una forma ciertamente intuitiva, el Streptococcus o la Escherichia, por ejemplo.
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